計算生物学研究室とは

当研究室では、顕微鏡画像の画像認識（mp4動画（1.8MB）をみてみたい方はこちら）や異常検知、時系列因果推論というテーマで、機械学習や人工知能の技術を、生命現象の解析に応用する研究に取り組んでいます。

発生や老化、疾患などの生命現象のメカニズムをシステムとして理解し、予測・制御する技術を生み出し、新しい生物学的な知識を得る「データ駆動型サイエンス」を目指します。

指導教員の遠里をはじめ、現在は23名の学部生と、6名の修士課程の大学院生が所属し、学会参加などの活動を行なっています。詳細な情報はメンバー紹介やイベントギャラリーをご確認下さい。

情報技術の生命科学分野への応用や生物の大規模データ解析に関心がある方、機械学習や人工知能技術の研究、プログラミングに興味ある方、数理モデルの構築やシミュレーションに挑戦してみたい方など、幅広い興味をお持ちの方々の研究参加を募集しています。

研究室とゼミ風景

関連キーワード：バイオイメージインフォマティクス、システムズバイオロジー、ディープラーニング、画像認識、異常検知、因果推論、時系列解析、トランスオミクス解析

ニュース

更新日内容
2025年03月24日型で実践する生物画像解析 ImageJ・Python・napari という書籍を出版しました。論文投稿編 画像データリポジトリとデータベース — そのしくみと活用法 を担当しました。
2024年12月26日R2次世代生命科学研究会で研究室の学生さん10名が発表しました。
2024年12月10日Science of the Total Environmentという論文誌に、時系列因果推論に関する論文が採択され、12月10日にオンライン公開されました(https://ssrn.com/abstract=4916701)。

Fumito Maruyama, Ishara Perera, Carolina Medel, Leonardo Guzman, Shinji Nakaoka Felipe Tucca, Alexander Jaramillo, Yukako Tohsato, Milko A. Jorquera, So Fujiyoshi, Daiki Kumakura, Kyoko Yarimizu, Oscar Espinoza, Jacquelinne Acuña, Han Soo Lee, Causal Interactions among phytoplankton and pseudo-nitzschia species revealed by Empirical Dynamic Modelling, 2024.
2024年12月04日早稲田大学で開催された第80回バイオ情報学発表会で、修士1年生と2年生の学生さん2名が口頭発表を行いました。おつかれさまでした！
2024年10月31日Nucleic Acids Research という論文誌に、生物画像データベースに関する以下の論文が採択され、10月31日にオンライン公開されました（https://doi.org/10.1093/nar/gkae860）。理研からプレスリリースされました。

Koji Kyoda, Hiroya Itoga, Yuki Yamagata, Emi Fujisawa, Fangfang Wang, Miguel Miranda-Miranda, Haruna Yamamoto, Yasue Nakano, Yukako Tohsato, Shuichi Onami, SSBD: an ecosystem for enhanced sharing and reuse of bioimaging data, Nucleic Acids Research, gkae860, 2024.
2024年8月6日熊本で行われた画像の認識・理解シンポジウム（MIRU2024）で大学院1,2年生の学生さんが3件のポスター発表を行いました。
2024年8月3日OICのオープンキャンパスで研究室公開を実地しました。計60名くらいの訪問者があり盛況でした。
2023年12月28日IPSJ Transaction on Bioinformatics という論文誌に、大学院2年生の学生さんが書いた論文が採択され、論文が2024年4月に公開されました(DOI: 10.1145/3620679.3620680)。おめでとう！
2023年12月26日例年、理化学研究所で行なっている理研と立命館大学合同の中間報告会です。今年は本研究室から10名が口頭発表を行いました。
2023年11月29日東京電機大学で開催された第76回BIO合同研究発表会で、修士2年生の学生さん2名が口頭発表を行いました。
2023年09月21日シンガポールで行われたInternational Conference on Genome Informatics (GIW) という国際会議で大学院2年生の学生さんが1件のポスター発表を行いました。
2023年09月07日生命医薬情報連合大会で大学院1年生および学部4年生の学生さんが4件のポスター発表を行いました。
2023年06月16日ICBET2023という国際会議で大学院2年生の学生さんが1件の口頭発表を行いました。査読付き国際会議議事録に採択され、12月にはACMで論文が公開されました (DOI: 10.1145/3620679.3620680)。おめでとう！
2023年05月07日IPSJ Transactions on Bioinformatics の論文雑誌に大学院2年生の論文が採択されました！おめでとう！
2023年03月10日第73回BIO合同研究発表会で1件の口頭発表を行いました。