研究成果

査読あり原著論文（Original papers）

  • Takashi Ohyama, Yukako Tohsato*: Metabolic network analysis by time-series causal inference using the multi-dimensional space of prediction errors. IPSJ Transactions on Bioinformatics, 16: 13-19, https://doi.org/10.2197/ipsjtbio.16.13, (2023/04/03).
  • Tatsumi Hirata, Yukako Tohsato, Hiroya Itoga, Go Shioi, Hiroshi Kiyonari, Sanae Oka, Toshihiro Fujimori, Shuichi Onami: NeuroGT: a brain atlas of neurogenic tagging CreER drivers for birthdate-based classification and manipulation of mouse neurons. Cell Reports Methods, 1(3): 100012, https://doi.org/10.1016/j.crmeth.2021.100012 (2021/05/25).
  • Koji Kyoda, Kenneth H. L. Ho, Yukako Tohsato, Hiroya Itoga, Shuichi Onami: BD5: An open HDF5-based data format to represent quantitative biological dynamics data. PLOS ONE, 15(8): e0237468, https://doi.org/10.1371/journal.pone.0237468 (2020/08/12).
  • Yang Sihai, Xianhua Han, Yukako Tohsato, Koji Kyoda, Shuichi Onami, Ikuko Nishikawa, Yenwei Chen*: Phenotype analysis method for identification of gene functions involved in asymmetric division of Caenorhabditis elegans. Journal of Computational Biology, 24(5): 436-446 doi:10.1089/cmb.2016.0210 (2017/05/01).
  • Xian-Hua Han, Yukako Tohsato, Koji Kyoda, Shuichi Onami, Ikuko Nishikawa, Yen-Wei Chen*, Nuclear detection in 4D microscope images of developing embryo using enhanced probability map of top-ranked intensity-ordered descriptors, IPSJ Transactions on Computer Vision and Application, 8, 8, doi: 10.1186/s41074-016-0010-3 (2016/11/03).
  • Yukako Tohsato, Kenneth H.L. Ho, Koji Kyoda, Shuichi Onami: SSBD: a database of quantitative data of spatiotemporal dynamics of biological phenomena, Bioinformatics, 32(22), 3471-3479 doi: 10.1093/bioinformatics/btw417 (2016/06/19).
  • Takayoshi Tomono, Hisao Kojima, Satoshi Fukuchi, Yukako Tohsato, Masahiro Ito, Investigation of glycan evolution based on a comprehensive analysis of glycosyltransferases using phylogenetic profiling, Biophysics and Physicobiology, 12: 57-68 (2015/11/12).
  • Koji Kyoda, Yukako Tohsato, Kenneth H. L. Ho, Shuichi Onami, Biological Dynamics Markup Language (BDML): an open format for representing quantitative biological dynamics data, Bioinformatics, 31(7): 1044-1052, doi:10.1093/bioinformatics/btu767 (2015/04/01).
  • Yuta Otsuka, Ai Muto, Rikiya Takeuchi, Chihiro Okada, Motokazu Ishikawa, Kouichiro Nakamura, Natsuko Yamamoto, Hitomi Dose, Kenji Nakahigashi, Shigeki Tanishima, Wataru Nomura, Sivasundaram Suharnan, Toru Nakayashiki, Walid Aref, Michael Gribskov, Yukako Tohsato, Barry Bochner, Daisuke Kihara, Tyrrell Conway, Barry Wanner, Hirotada Mori*: GenoBase: Comprehensive resource database of Escherichia coli K-12, Nucleic Acids Research, 43(Database issue): D606-D617 (2015/01/28) .
  • Hisao Kojima, Yukako Tohsato, Kazuya Kobayama, Saki Itonori, Masahiro Ito*, Biochemical studies on sphingolipids of Artemia franciscana: complex neutral glycosphingolipids, Glycoconjugate Journal, 30(3): 257-268 (2013/04/30). doi: 10.1007/s10719-012-9436-8.
  • Yukako Tohsato*, Kunihiko Ikuta, Akitaka Shionoya, Yusaku Mazaki, Masahiro Ito, Parameter optimization and sensitivity analysis for large kinetic models using a real-coded genetic algorithm, Genes (Suppl. for Genome Informatics 2012), 518(1): 84-90 (2013/04/10). doi: 10.1016/j.gene.2012.11.080.
  • Yoshihiko Matsuta, Masahiro Ito, Yukako Tohsato*, ECOH: An Enzyme Commission number predictor using mutual information and a support vector machine, Bioinformatics, 29(3): 365-372 (2013/02/01) doi: 10.1093/bioinformatics/bts700. 
  • Masahiro Ito, Yukako Tohsato, Hitoshi Sugisawa, Shohei Kohara, Satoshi Fukuchi, Ikuko Nishikawa, Ken Nishikawa, Intrinsically disordered proteins in human mitochondria, Genes to Cells, 17(10): 817-825 (2012/08/22) doi: 10.1111/gtc.12000.
  • Yukako Tohsato, Kanami Monobe, Kenji Suzuki, Toshiya Hayano, Ichiro Kawasaki, Masahiro Ito, Comparative proteomic analysis reveals differentially expressed proteins in Caenorhabditis elegans pgl-1 mutants grown at 20°C and 25°C, Journal of Proteomics, 75(15): 4792-4801 (2012/08/03) doi: 10.1016/j.jprot.2012.04.038.
  • Yukako Tohsato, Tomoya Baba, Yusaku Mazaki, Masahiro Ito, Barry L. Wanner, Hirotada Mori, Environmental dependency of gene knockouts on phenotype microarray analysis in Escherichia coli, Journal Bioinformatics and Computational Biology (Suppl. for Genome Informatics 2010), 8: 1-17 (2010/09/10) .
  • Yukako Tohsato*, Yu Nishimura, Reaction similarities focusing substructure changes of chemical compounds and metabolic pathway alignments, IPSJ Transactions on Bioinformatics, 2: 15-24 (2009/03/24).
  • Yukako Tohsato, Yu Nishimura, Metabolic pathway alignment based on similarity between chemical structures, IPSJ Transactions on Bioinformatics, 48(SIG17 (TBIO3)): 9-18 (2007/07/09).
  • Yukako Tohsato, A method for species comparison of metabolic networks using reaction profile, IPSJ Transactions on Bioinformatics, 47(SIG17 (TBIO1)): 42-47 (2006/11).
  • Takahiro Kosaka, Yukako Tohsato, Susumu Date, Hideo Matsuda and Shinji Shimojo, An OGSA-based integration of life scientific resources for drug discovery, Methods of Information in Medicine, 44(2): 257-261 (2005/06) .
  • Yukako Tohsato, Takahiro Kosaka, Susumu Date, Shinji Shimojo, Hideo Matsuda: Heterogeneous database federation using grid technology for drug discovery process, grid computing in life science, Lecture Notes in Bioinformatics, 3370: 43-52 (2005/02).
  • Yukako Tohsato, Hideo Matsuda, Akihiro Hashimoto, An application of a pathway alignment method to the analysis of metabolic pathways, Research Communications in Biochemistry, Cell and Molecular Biology, 5(3 & 4): 179-191 (2003/07/07).
  • 遠里 由佳子, 松田 秀雄*, 橋本 昭洋, パスウェイ解析のための情報量最大化アライメントアルゴリズム, 情報処理学会論文誌：数理モデル化と応用, 41(SIG7(TOM3)): 41-48 (2000/11/06).

査読あり国際会議議事録（Proceedings）

  • Hiroaki Nozaki, Yukako Tohsato, Unsupervised domain adaptation using temporal association for segmentation and its application to C. elegans time-lapse images, The 31st International Conference on Artificial Neural Networks (ICANN 2022), Lecture Notes in Computer Science, Vol. 13531, Springer, Bristol, UK, pp. 469-481 (2022/09/06-09).
  • Eisuke Ito, Takaya Ueda, Ryo Takano, Yukako Tohsato, Koji Kyoda, Shuichi Onami, Ikuko Nishikawa, Phenotype anomaly detection for biological dynamics data using a deep generative model, The 31st International Conference on Artificial Neural Networks (ICANN 2022), Lecture Notes in Computer Science, Vol. 13530, Springer, Bristol, UK, pp. 432-444 (2022/09/06-09).
  • Yukako Tohsato, Tadahiro Taniguchi, Hirotada Mori, Masahiro Ito, Analyzing phenotype microarray data for Escherichia coli using an infinite relational model, Proceedings of the 2021 IEEE the 9th International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (ICBCB 2021), 125-129, 2020 IEEE 8th International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (ICBCB 2020) (2020/05/16-18), Taiyuan, China.
  • Takumi Oibayashi, Takaya Ueda, Yuki Kimura, Yukako Tohsato, Ikuko Nishikawa, Phenotype anomaly detection in early C. elegans embryos by variational auto-encoder, Proceedings of the 2020 IEEE 8th International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (ICBCB 2020), 1-5, Taiyuan, China (2020/05/16-18).
  • Takaya Ueda, Yukako Tohsato, Ikuko Nishikawa, Temporal anomaly detection by deep generative models, Proceedings of the 29th International Conference on Artificial Neural Networks (ICANN 2020), 12396, 553-564 (2020/09/15-18).
  • Takaya Ueda, Masataka Seo, Yukako Tohsato, Ikuko Nishikawa, Analysis of time series anomalies using causal InfoGAN and its application to biological data, Proceedings of the 15th International Conference and Natural Computation, Fuzzy Systems and Knowledge Discovery (ICNC-FSKD 2019), Springer, Kuming, China, 1074, 609-617, (2019/07/20-22).
  • Yuki Kimura, Takaya Ueda, Seo Masataka, Ikuko Nishikawa, Characterizing phenotype abnormality by variational auto encoder, Proceedings of the 15th International Conference and Natural Computation, Fuzzy Systems and Knowledge Discovery (ICNC-FSKD 2019), Springer, Kuming, China, 1074, 618-626, (2019/07/20-22).
  • Xian-Hua Han, Yukako Tohsato, Koji Kyoda, Shuichi Onami, Ikuko Nishikawa, Yen-Wei Chen*, Nuclear detection in 4D microscope images using enhanced probability map of top-ranked intensity-ordered descriptors, Proceeding of the 3rd Asian Conference on Pattern Recognition (ACPR2015), 554-558, Kuala Lumpur, Malaysia (2015/11/03-06).
  • Yukako Tohsato, Kunihiko Ikuta, Akitaka Shionoya, Yusaku Mazaki, Masahiro Ito, Parameter optimization and sensitivity analysis for large kinetic models using a real-coded genetic algorithm, Proceedings of the Genome Informatics (GIW 2012),Tainan, Taiwan (2012/12/12-14).
  • Yukako Tohsato, Tomoya Baba, Yusaku Mazaki, Masahiro Ito, Barry L. Wanner, Hirotada Mori, Environmental dependency of gene knockouts on phenotype microarray analysis in Escherichia coli, Proceedings of the Genome Informatics (GIW 2010), China (2010/12/16-18) [published 17 pages paper in CD-ROM.
  • Yukako Tohsato, Hirotada Mori, Phf8/12/01-03).
  • Masato Kitajima, Yukako Tohsato, Takahiro Kosaka, Kazuto Yamazaki, Reiji Teramoto, Susumu Date, Shinji Shimojo, Hideo Matsuda, Development of a database system for drug discovery by employing grid technology, Proceedings of the 7th International Conference on High Performance Computing and Grid in Asia Pacific Region (HPCAsia2004), IEEE CS Press, 365-369, Ohmiya (2004/07/20-22).
  • Yukako Tohsato, Takahiro Kosaka, Susumu Date, Shinji Shimojo, Hideo Matsuda, Heterogeneous database federation using grid technology for drug discovery process, Proceedings of the First International Workshop on Life Science Grid (LSGRID2004), 53-62, Kanazawa (2004/05/31-06/04).
  • Shoko Miyake, Yukako Tohsato, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda, A clustering method for comparative analysis between genomes and pathways, Proceedings of the 8th International Conference on Database Systems for Advanced Applications (DASFAA 2003), 327-334, Kyoto (2003/03/26-28).
  • Yukako Tohsato, Hideo Matsuda, Akihiro Hashimoto, A multiple alignment algorithm for metabolic pathway analysis using enzyme hierarchy, Proceedings of the 8th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2000), 376-383, California (2000/08/19-23).

国際会議発表（2019年以降のみ抜粋）

  • Tatsumi Hirata, Yukako Tohsato, Hiroya Itoga, Go Shioi, Hiroshi Kiyonari, Sanae Oka, Toshihiko Fujimori, Shuichi Onami, “Launching NeuroGT: a brain atlas of neurogenic tagging CreER drivers for birthdate-based classification and manipulation of mouse neurons”, Neuroscience 2021, 50th Annual Meeting, Online, Nov 8-11, 2021 [Poster].
  • Hiroya Itoga, Fangfang Wang, Koji Kyoda, Yukako Tohsato, Shuichi Onami, “SSBD:database and SSBD:repository – an added-value database and archive service for bioimages and quantitative data of biological dynamics -“, OME 2021 Community Meeting, Online, Jun 8-11, 2021 [Poster].
  • Koji Kyoda, Kenneth HL Ho, Hiroya Itoga, Yukako Tohsato, Shuichi Onami, “BDZ: Zarr-based format of quantitative biological dynamics data for object storage and cloud computing”,OME 2021 Community Meeting – Open data, advanced imaging data applications, and more, Online, Jun 8-11, 2021 [Poster].
  • Hiroya Itoga, Kenneth H.L. Ho, Koji Kyoda, Yukako Tohsato, Shuichi Onami: SSBD:database and SSBD:repository – Online Open Resources for Bioimages and Quantitative Data for Biosystems Dynamics, RIKEN BDR Symposium 2021 – Structuring Biosystems: Functions Emerging from Molecules –, Online, Mar 1-3, 2021 [poster].
  • Hiroya Itoga, Kenneth H.L. Ho, Koji Kyoda, Yukako Tohsato, Shuichi Onami: SSBD:database and SSBD:repository – online open resources for bioimages and quantitative data for biosystems dynamics, CSH Biological Data Science Nov 4-6, 2020 [oral].
  • Kenneth H.L. Ho, Yukako Tohsato, Koji Kyoda, Hiroya Itoga, Shuichi Onami: SSBD: an open public database of microscopy images and quantitative data of biological dynamics facilitating the reuse and reanalyze of biological data, The 20th International Conference on Systems Biology (ICSB 2019), Okinawa, Japan, Oct 31-Nov 4, 2019 [poster].
  • Koji Kyoda, Kenneth H.L. Ho, Yukako Tohsato, Hiroya Itoga, Shuichi Onami: SSBD: an open database for sharing quantitative data. BioImage Informatics 2019, Seattle USA, October 2-4 (発表日 Oct. 2), 2019 [poster].
  • Koji Kyoda, Kenneth H.L. Ho, Yukako Tohsato, Hiroya Itoga, Shuichi Onami: SSBD: an open database for sharing quantitative data and microscopy images of biosystems dynamics. BioImage Informatics 2019, Okinawa, Japan, October 2-4 (発表日 Oct. 2), 2019 [oral].
  • Kenneth H.L. Ho, Yukako Tohsato, Koji Kyoda, Hiroya Itoga, Shuichi Onami: SSBD: an open public database of microscopy images and quantitative data of biological dynamics. The 52nd Annual Meeting of the Japanese Society of Developmental Biology, Osaka, Japan, May 15-16, 2019 [oral].
  • Takaya Ueda, Masataka Seo, Yukako Tohsato, Ikuko Nishikawa: Analysis of Time Series Anomalies Using Causal InfoGAN and Its Application to Biological Data, In Proceedings of the 15th International Conference on Natural Computation, Fuzzy Systems and Knowledge Discovery (ICNC-FSKD 2019), pp. 609-617, 2019 [oral] (2019/07/20)
  • Yuki Kimura, Takaya Ueda, Masataka Seo, Yukako Tohsato, Ikuko Nishikawa: Characterizing Phenotype Abnormality by Variational Auto Encoder, In Proceedings of the 15th International Conference on Natural Computation, Fuzzy Systems and Knowledge Discovery (ICNC-FSKD 2019), pp. 618-626, 2019 [oral] (2019/07/20)
  • Yukako Tohsato, Hatsumi Okada, Koji Kyoda, Shuichi Onami (2019) Yukako Tohsato, Data-driven analysis of female pronuclear migration by image-processing embryonic movies in Phenobank, 22nd International C. elegans Conference, Los Angeles, CA, USA, June 20 – June 24, June 24, 2019 [poster].
  • Kenneth H.L. Ho, Yukako Tohsato, Koji Kyoda, Hiroya Itoga, Shuichi Onami: SSBD: an open public database of microscopy images and quantitative data of biological dynamics. The 52nd Annual Meeting of the Japanese Society of Developmental Biology, Osaka, Japan, May 15-16, 2019 [poster].

国内会議発表（2019年以降のみ抜粋）

  • Takashi Ohyama, Yukako Tohsato: Metabolic network analysis by time-series causal inference using the multi-dimensional space of prediction errors, 第142回MPS・第73回BIO合同研究発表会, 2022年3月10日[口頭発表].
  • Hiroaki Nozaki, Yukako Tohsato: Unsupervised Domain Adaptation using Temporal Association for Segmentation and its Application C. elegans Time-lapse Images, 第11回生命医薬情報連合大会, 2022年9月14日 [口頭発表].
  • Takashi Ohyama, Yukako Tohsato, A Causal Inference in Non-linear Time Series using Shadow Manifolds of Prediction Errors,第11回生命医薬情報連合大会(IIBMP2022), 2022年9月13日-15日, 2022年2022年9月14日 [口頭発表].
  • 川端 宏知、下條 優貴、平田 たつみ、遠里 由佳子, NeuroGTのマウス全脳画像の三次元再構築, 第11回生命医薬情報連合大会(IIBMP2022) , 2022年9月13日-15日, 2022年2022年9月14日 [ポスター発表].
  • 下條 優季,平田 たつみ, 遠里 由佳子, 深層学習による高解像度なマウス脳切片画像の領域検出に向けた画像処理法の提案, 第11回生命医薬情報連合大会(IIBMP2022),  2022年9月13日-15日, 2022年2022年9月14日[ポスター発表].
  • 今村 蓮、遠里 由佳子, 隠れセミマルコフモデルを用いた線虫胚発生の異常検知, 第11回生命医薬情報連合大会(IIBMP2022) , 2022年9月13日-15日, 2022年2022年9月14日 [ポスター発表].
  • 池田 直輝, 遠里 由佳子, 敵対的生成ネットワークを用いた線虫胚発生の細胞核の異常検知, 第11回生命医薬情報連合大会(IIBMP2022) , 2022年9月13日-15日, 2022年2022年9月14日 [ポスター発表].
  • 大山 鷲志, 遠里 由佳子, 代謝ネットワーク解析にむけた予測誤差の状態空間を用いる時系列因果推論法の提案, 情報処理学会研究報告, 2022-BIO-70 (57), 1-5, 2022, 2022年7月29日 [口頭発表].
  • 川端 宏知、下條 優貴、平田 たつみ、遠里 由佳子, 大規模なマウスの脳切片画像の画像処理と三次元再構築, 第25回画像の認識・理解シンポジウム(MIRU2022) ,姫路(アクリエひめじ), 2022年7月25日-28日(発表日：7月 28日) [ポスター発表].
  • 下條 優季,平田 たつみ, 遠里 由佳子, 高解像度なマウス脳画像の領域検出にむけた画像の前後処理法の提案, 第25回画像の認識・理解シンポジウム(MIRU2022) , 姫路(アクリエひめじ), 2022年7月25日-28日(発表日：7月 26日) [ポスター発表].
  • 平田 たつみ, 遠里 由佳子, 糸賀 裕弥, 塩井 剛, 清成 寛, 岡 早苗, 藤森 俊彦, 大浪 修一, “NeuroGT：神経細胞の誕生日タグづけ用CreERドライバーマウスの脳アトラス”, 第44回日本分子生物学会年会, 日本/オンライン, 横浜, 2021年12月1日-3日 [ポスター発表].
  • 平田 たつみ, 遠里 由佳子, 糸賀 裕弥, 塩井 剛, 清成 寛, 岡 早苗, 藤森 俊彦, 大浪 修一, “NeuroGT：神経細胞の誕生日タグづけ用CreERドライバーマウスの脳アトラス”, 第44回日本分子生物学会年会, 日本/オンライン, 横浜, 2021年12月1日-3日 [口頭発表].
  • 糸賀 裕弥, 王 放放, 京田 耕司, 遠里 由佳子, 大浪 修一, “SSBD:databaseとSSBD:repositoryを核とした生命画像と生命動態のオープンデータ駆動による研究ライフサイクルの実現”, バイオDXの最前線- JST戦略的創造研究推進事業CREST「データ駆動・AI駆動を中心としたデジタルトランスフォーメーションによる生命科学研究の革新[バイオDX]」キックオフシンポジウム, オンライン, 2021年11月21日-22日 [ポスター発表].
  • 京田 耕司, 糸賀 裕弥, 遠里 由佳子, 大浪 修一, “バイオDXを推進する生命現象の時空間動態データを解析する基盤の構築”, バイオDXの最前線　- JST戦略的創造研究推進事業 CREST「データ駆動・AI駆動を中心としたデジタルトランスフォーメーションによる生命科学研究の革新[バイオDX]」キックオフシンポジウム, オンライン, 2021年11月21日-22日 [ポスター発表].
  • 糸賀 裕弥, 王 放放, 京田 耕司, 遠里 由佳子, 大浪 修一, “SSBD:database/repository 生命画像情報と生命動態情報の統合データベース・レポジトリ”, トーゴーの日シンポジウム2021, オンライン, 2021年10月5日 [ポスター発表].
  • 大山 鷹志、遠里 由佳子: 非線形な時系列に対するガウス過程回帰を用いた因果推論, 第10回生命医薬情報連合大会(IIBMP2021), 2021年9月27日-29日 [ポスター発表 (9月27日]
  • 平田 たつみ, 遠里 由佳子, 糸賀 裕弥, 塩井 剛, 清成 寛, 岡早 苗, 藤森 俊彦, 大浪 修一, “NeuroGT：神経細胞の誕生日タグづけ用CreERドライバーマウスの脳アトラス”, 第44回日本神経科学大会 / CJK第1回国際会議, オンライン/日本, 神戸, 2021年7月28日-31日 [ポスター発表].
  • 野崎 弘晃, 遠里 由佳子: 領域検出における時系列を用いたドメイン適用手法と細胞画像への応用, 第24回画像の認識・理解シンポジウム(MIRU2021), Extended Abstracts, pp. 1-4, 名古屋(名古屋国際会議場), 2021年7月27日-30日(発表日：7月30日) , [査読有, 口頭発表(ショート), インタラクティブ口頭発表].
  • Tatsumi Hirata, Yukako Tohsato, Hiroya Itoga, Go Shioi, Hiroshi Kiyonari, Sanae Oka, Toshihiko Fujimori, Shuichi Onami, “NeuroGT: A brain atlas of neurogenic tagging CreER drivers for birthdate-based classification and manipulation of mouse neurons”, 第54回日本発生生物学会年会/54th Annual Meeting of Japan Society of Developmental Biologists, Online, Jun 17-18, 2021 [Poster].
  • 中谷 圭志, 遠里 由佳子: 線虫の細胞核の時系列データの HDP-HSMM を用いた分節化, 情報処理学会研究報告, 2020-BIO-64(9): 1-3, 第64回バイオ情報学研究会, 2020年12月7日, オンライン [査読無 研究会論文].
  • 中西 柾人, 遠里 由佳子: 線虫初期胚発生の顕微鏡画像から拡張U-Netを用いた細胞核のセグメンテーション, 第43回日本分子生物学学会年会, 2020年12月2日-4日(発表日 12/2) オンライン [ポスター発表].
  • Takeyuki Tamura (田村 武幸), Ai Muto (武藤 愛), Yukako Tohsato (遠里 由佳子), Tomoyuki Kosak (高坂 智之): 物質生産のための代謝コアネットワークの研究. 生命医薬情報連合大会. 2020年09月01日-09年03日(発表日 9/1) オンライン [poster]
  • 野崎 弘晃, 遠里 由佳子: 撮影条件の異なる細胞画像の領域検出におけるデータ拡張の有効性. 生命医薬情報連合大会. 2020年09月01日-09年03日 (発表日 9/1) オンライン [poster]
  • 中谷 圭志, 遠里 由佳子: 確率的生成モデルを用いた線虫初期発生の分節化. 2020年09月01日-09年03日 (発表日9/2), オンライン, [ポスター発表].
  • 糸賀 裕弥, ホー ケネス, 京田 耕司, 遠里 由佳子, 大浪 修一: SSBD: 細胞・発生画像情報と生命動態情報の統合データベース. トーゴーの日シンポジウム2019〜バイオデータベース：つないで使う〜, 東京. 2019年10月5日[poster].

書籍など

  • 京田 耕司，ホー ケネス，糸賀 裕弥, 遠里 由佳子，大浪 修一, 生命現象の時空間動態情報の可視化, 可視化情報学会誌 特集号 生物学のデータと可視化, 40(156): 25-28, ISSN：0916-4731 (2020/01) [解説].
  • 遠里 由佳子，京田 耕司，大浪 修一, バイオ画像解析 手とり足とりガイド　第１章5節　バイオイメージと定量データのデータベース (小林徹也 & 青木一洋 編) , 53-61, 羊土社 (2014/11) [書籍].
  • 遠里 由佳子，京田 耕司，ホー ケネス，大浪 修一, 生命動態システム科学のデータベースの統合化, 日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター, 27: 5-6 (2013/10) [解説].
  • Yukako Tohsato, Natsuko Yamamoto, Toru Nakayshiki, Rikiya Takeuchi, Barry L. Wanner, Hirotada Mori, Daisuke Kihara (Ed.), Protein Function Prediction for Omics Era: 15. Towards elucidation of the Escherichia coli K-12 unknowneome , 289-306, Springer (2011/04) [書籍].
  • 遠里 由佳子, 代謝反応メカニズムをセルイラストレータで再現しよう, Infomatic World No.15 (2009/03) [解説].
  • 松田 秀雄, 遠里 由佳子, 代謝反応パスウェイのアライメントによる類似反応パターンの検出, 蛋白質・核酸・酵素, 46(16): 2550-2554, 共立出版 (2001/12) [雑誌].

受賞

  • 数理モデル化と問題解決研究会賞 プレゼンテーション賞 (情報処理学会) (2009/12).