計算生物学研究室では、立命館大学以外の大学から博士前期課程または博士後期課程への進学を希望する方の事前相談を受け付けています。本ページは、研究室への事前相談に必要な情報をまとめたものです。出願資格、出願書類、試験日程、在留資格等については、必ず立命館大学大学院情報理工学研究科の入試情報および最新の募集要項を確認してください。事前相談、面談、研究計画書への署名・押印等は、入学試験の合格や研究室への受入れを保証するものではありません。

研究室の研究テーマおよび使用言語について

当研究室では、生命画像や時系列データから、生命システムの状態、動態および因果関係を明らかにするための計算技術を研究しています。主な研究分野は次のとおりです。

顕微鏡画像・生物画像の認識および領域分割
少量の教師データを用いた機械学習
撮影条件やデータ分布の違いに頑健な画像解析
表現学習および自己教師あり学習
時系列画像からの状態推定、将来予測および異常検知
短い時系列データからの因果構造推定
数理モデルを用いた生命現象のシミュレーション

生物学を専門としてきた必要はありませんが、研究に必要となる生物学、数学、統計学、機械学習およびプログラミングを主体的に学ぶことが求められます。

医用画像や一般画像を対象とした研究経験も、画像解析や機械学習の基礎経験として活用できます。ただし、事前相談時に提出された研究計画をそのまま実施できるとは限らず、入学後の研究テーマは、当研究室で利用可能なデータ、進行中の研究および研究指導の状況に応じて調整または変更する場合があります。

なお、本研究室のゼミ、研究指導および日常的な連絡では、主に日本語を使用します。必要に応じて英語も使用しますが、英語のみで運営される研究室ではありません。英語による学位取得プログラムへの出願を希望する方は、研究指導および研究室内で使用する言語について、事前相談の際に確認してください。

連絡時期および初回の連絡に記載する内容

事前相談、資料確認、面談および研究計画の調整には時間を要します。原則として、出願期間が始まる2～3か月前までにご連絡ください。連絡が遅い場合は、資料の確認、面談、研究計画の調整、研究計画書への署名・押印等に対応できないことがあります。

初回のメールには、次の事項を記載してください。メールの件名は**「大学院進学に関する事前相談：氏名・希望入学時期」の形式としてください。

氏名
現在居住している国または地域
日本語および英語の学習状況ならびに語学試験の成績
希望する入学時期および出願予定の入試方式
当研究室を志望する理由
通常の卒業・修了に伴う進学ではなく、現在の所属を変更して進学を希望する場合は、その在籍状況、在籍期間および変更理由

加えて、次の資料をそれぞれPDFまたはWordファイルとして用意し、1通のメールにまとめて添付してください。

現在の所属を含む履歴書
学部の成績証明書、および大学院への在籍経験がある場合は大学院の成績証明書
卒業論文または修士論文の要旨もしくは全文（該当する最新のもの）
希望する研究テーマおよび研究計画書（大学院入試用の所定様式ではなく、書式自由のWordファイルで1ページ程度）
日本語または英語能力を証明する資料がある場合は、その写し
機械学習、画像解析またはデータ解析の実装経験が分かる資料（該当する場合・任意）

履歴書、成績証明書、卒業論文等は、日本語または英語以外で作成されたものでも受け付けます。ただし、提出する卒業研究の要旨または卒業論文が日本語・英語以外で作成されている場合は、内容確認のため、日本語または英語の要旨を添付してください。成績証明書が日本語・英語以外で作成されている場合も、科目名と成績評価制度を確認できる日本語または英語の簡単な説明を添付してください。初回の事前相談では、翻訳機関等による正式な翻訳である必要はありません。正式出願時に必要な翻訳や証明については、最新の募集要項に従ってください。

機械学習、画像解析またはデータ解析の実装経験がある場合は、可能であれば、ご自身が実装した代表的なソースコードの一部を添付するか、公開リポジトリのURLを記載してください。その目的と処理内容についても簡潔に説明してください。共同研究・共同制作の場合は、ご自身が担当した部分を明記してください。データセット、学習済みモデル、大容量ファイル、個人情報、認証情報および共有する権限のない資料は添付しないでください。提出資料について、面談で説明を求めることがあります。

事前相談から出願まで

おおむね次の順序で検討を行います。

メールによる事前相談
提出資料の確認
必要に応じた追加資料の提出
面談
研究テーマおよび研究計画の調整
受入れおよび研究指導の可否の判断
必要な場合は研究計画書への署名・押印
正式出願

資料をお送りいただいたすべての方と面談を行うわけではありません。提出資料を確認したうえで、さらに検討を進める場合に面談についてご連絡します。

当研究室への進学を希望する場合は、事前相談を通して出願する入試方式を確認したうえで、所定の選考を受けて合格する必要があります。必要となる語学試験の成績、在留資格および在留カードに関する条件は、入試方式、課程、入学時期等によって異なります。例えば、博士前期課程の日本語基準の一般入学試験では、TOEIC Listening & Reading Testのスコアが必要です。また、外国籍の方が日本国内から出願する場合は、入試方式や試験時期によって、所定の期間まで有効な在留カードが必要となることがあります。

研究室では、出願資格の正式な判定や入試制度に関する個別の保証はできません。出願前に、必ず情報理工学研究科の入試情報および最新の募集要項を確認してください。不明な点については、募集要項に記載された大学の担当窓口へお問い合わせください。

For Prospective Graduate Students from Outside Ritsumeikan University

The Computational Biology Laboratory accepts preliminary inquiries from students at universities other than Ritsumeikan University who wish to apply to a master’s or doctoral program. This page summarizes the information required for a preliminary consultation with the laboratory. Please be sure to check the admissions information provided by the Graduate School of Information Science and Engineering and the latest application guidelines for details regarding eligibility, required documents, examination schedules, residence status, and other requirements. A preliminary consultation, interview, or signature or seal on a research plan does not guarantee admission or acceptance into the laboratory.

Research Areas and Languages Used in the Laboratory

Our laboratory develops computational methods for understanding the states, dynamics, and causal relationships of biological systems from biological images and time-series data. Our main research areas include:

Recognition and segmentation of microscopy and biological images
Machine learning with limited labeled data
Robust image analysis under changes in imaging conditions or data distributions
Representation learning and self-supervised learning
State estimation, future prediction, and anomaly detection from time-series images
Causal structure estimation from short time-series data
Simulation of biological phenomena using mathematical models

A previous specialization in biology is not required. However, students are expected to study the biology, mathematics, statistics, machine learning, and programming needed for their research.

Experience with medical or general image analysis may provide a useful foundation in image analysis and machine learning. However, the research plan submitted during the preliminary consultation may not be carried out exactly as proposed. The research topic may be adjusted or changed according to the data available in our laboratory, ongoing research projects, and supervision arrangements.

Japanese is the primary language used in laboratory seminars, research supervision, and daily communication. English may also be used when necessary, but the laboratory does not operate exclusively in English. Applicants to an English-based degree program should discuss the language environment for research supervision and laboratory activities during the preliminary consultation.

When to Contact Us and Information Required in the Initial Email

Preliminary consultation, document review, interviews, and adjustment of the research plan require sufficient time. As a general rule, please contact us two to three months before the application period begins. Late inquiries may not allow sufficient time to review the materials, arrange an interview, adjust the research plan, or sign and seal the required documents.

Please include the following information in your initial email. Use the subject line “Preliminary Consultation for Graduate Admission: Name and Intended Enrollment Date.”

Your full name
Your intended enrollment date and the admissions route through which you plan to apply
Your current country or region of residence
Your Japanese- and English-language proficiency, including any language test scores
Your reasons for applying to our laboratory
If you intend to change your current affiliation for reasons other than the ordinary graduation or completion of your current program, please describe your current enrollment status, period of enrollment, and reasons for the change.

In addition, please prepare each of the following documents as a separate PDF or Word file and attach all of them to a single email.

A current curriculum vitae (CV), including your present affiliation
Your undergraduate academic transcript and, if you have attended a graduate program, your graduate academic transcript
An abstract or the full text of your undergraduate or master’s thesis, whichever is most recent and applicable
Your proposed research topic and research plan, approximately one page in a freely formatted Word document; please do not use the official graduate admissions form at this stage
Evidence of Japanese- or English-language proficiency, if available
If applicable, evidence of your implementation experience in machine learning, image analysis, or data analysis (optional)

CV, academic transcripts, undergraduate theses, and related documents written in languages other than Japanese or English are accepted. However, if the submitted abstract or full text of your undergraduate thesis is written in another language, please also provide an abstract in Japanese or English so that we can review its content. If your academic transcript is written in a language other than Japanese or English, please also provide a brief explanation in Japanese or English of the course titles and grading system. Certified translations are not required for the initial consultation. Please follow the latest application guidelines regarding any translations or certifications required for the formal application.

If you have experience implementing machine learning, image analysis, or data analysis methods, please, if possible, attach a representative excerpt of source code that you implemented yourself or provide the URL of a publicly accessible repository. Please also briefly explain the purpose of the code and what it does. If the code was developed as part of a collaborative research or development project, clearly indicate the parts for which you were responsible. Do not attach datasets, trained models, large files, personal information, credentials, or materials that you are not authorized to share. You may be asked to explain the submitted materials during an interview.

Process from Preliminary Consultation to Application

The review process generally proceeds as follows:

Preliminary inquiry by email
Review of the submitted materials
Submission of additional materials, if necessary
Interview
Adjustment of the research topic and research plan
Decision regarding the possibility of supervision and acceptance
Signing and sealing of the research plan, if required
Formal application

An interview is not offered to every applicant who submits materials. After reviewing the submitted documents, we will contact applicants if we decide to proceed to an interview.

Applicants who wish to join our laboratory must consult with us in advance regarding the appropriate admissions route and then apply through that route, undergo the required selection process, and be admitted to the Graduate School. Requirements concerning language test scores, residence status, and residence cards vary depending on the admissions route, degree program, intended enrollment date, and other circumstances. For example, applicants to the Japanese-based Master’s Program through Regular Admissions are required to submit a TOEIC Listening & Reading Test score. Non-Japanese applicants applying from within Japan may also be required to hold a residence card valid for a specified period, depending on the admissions route and examination date.

The laboratory cannot make an official determination of an applicant’s eligibility or provide an individual guarantee concerning admissions requirements. Before applying, please check the official admissions information and the latest application guidelines. Questions concerning formal admissions requirements should be directed to the university office specified in the application guidelines.